Il a été interpellé dans le cadre d'une enquête sur des malversations financières et les attributions de parcelles dans la ville de Ouagadougou. M. Ilboudo est notamment suspecté d'avoir vendu le terrain et l'ex dépôt OFNACER de Larlé à une société de transport. C'est la brigade de gendarmerie de Boulmiougou qui est en charge de l'enquête.